1、法律环境的缺失
没有BT或BOT等相关方面的法律，也没有可供参考的合同文本，BT模式中涉及的回购协议和融资担保也没有法律条款支持。
2、建设期中的产权界定模糊
业主和BT方签订的合同之中有一个“回购协议”，即项目移交是属于回购的性质，因此在签订合同之后、项目移交之前的这段时间内，项目产权属于BT方还是属于业主方难以界定。
3、项目活动谈判时间长，消耗大
BT项目大多没有先例可循，项目的发起人（BT方）和政府机构要花相当长的时间相互阐明各自的意愿，在谈判过程当中，涉及到如何分担项目中的风险问题，双方往往难以达成统一。
4、涉及环节多，成本高
BT模式的项目准备、招标、谈判、签署与BT有关的建设合同、移交、回购等阶段，涉及到政府的许可、审批以及贷款担保等诸多环节，操作的难度较大，人为障碍多，而融资成本也会因中间环节的增多而急剧上升。
5、项目相关方多，协调沟通难度大
BT模式中，涉及到的项目相关方很多，很多参建方均出于个体利益考虑而损害项目整体。如BT方在保证质量的前提下希望施工承包方的报价尽可能低，而施工承包方则要保证自身的最低盈利标准，而采取相应有损BT方的策略。
6、融资监管难度大，资金风险大
目前我国尚没有相应的BT模式方面的法律法规，而BT模式中的法律关系、合同关系的特殊性和复杂性，导致融资监管难度大。例如银团是以政府或政府机构的全额付款保证作为担保，而不是BT方出具抵押作为担保，未来的责任主体难以界定。
7、分包现象严重，质量难以得到保证
由于业主只直接与BT方发生业务关系，项目的落实可能被细化，导致项目分包现象严重；BT方出于自身利益的考虑，在项目的建设标准、变更以及施工进度等方面存在问题，使得项目质量得不到应有的保证；业主方聘请的专业咨询公司也可能存在道德风险而没有起到实质性的作用。
8、应用前提缺失，政策风险加大
BT项目建立的前提是未来政府财政收入的真实增长，而当地方政府的财政收入的增长无法支撑BT项目时，BT项目属于盲目扩张固定资产投资规模的行为，扰乱国家的宏观建设环境，同时极大损害投资人的经济利益，破坏市场秩序和市场环境。