一、法规效力较低，体系尚待完善
我国当前缺乏一套针对PPP的完整的法律法规体系，一方面，现有规定法律效力不高，当前发改委颁布了指导意见，财政部发布了操作指南，但仍局限在部委的层面；另一方面，当前制度层面还有相互矛盾的地方，如发改委与财政部对项目操作的流程也有差异。
PPP不仅是一种投融资模式，更是一项涉及到政府、社会资本、第三方咨询机构、金融机构、社会公众等多方利益的系统工程，社会资本有时需要与政府签订长达20-30年的合同，政府公益性的出发点又与资本的逐利性存在天生的冲突，如果没有强有力的法律法规，各方利益将很难得到有力的保障，社会资本更会望而却步。
二、财政部、发改委博弈，无统一监管部门
财政部是本轮PPP热潮的倡导者，其一直积极推动PPP理论的推广和实践的推进，在全国范围内组织了多次PPP培训，成立了PPP中心，并于2015年12月4日公布《PPP操作指南》和30个PPP示范项目；而发改委是起草《特许经营法》的牵头部门，于5月公布了首批80个PPP示范项目，并在财政部公布《PPP操作指南》的当日公布“PPP指导意见”和“PPP通用合同指南”。
财政部是落实十八届三中全会“允许社会资本通过特许经营等方式参与城市基础设施投资和运营”改革举措的第一责任部门，但却由发改委负责立法这一顶层设计工作，且在国务院2014年11月底发布的60号文中，发改委被确立为“政府投资支持社会投资项目的管理办法”等多个政策措施的牵头部门。
财政部与发改委均有意统筹规划PPP项目，两部门对于PPP的理解大致相同，但在不少细节上仍有出入，一定程度上会让参与者无所适从，不利于PPP项目的开展与推进。
财政部操作指南中将本地政府所属的融资平台和控股国企排除在社会资本之外，而发改委则无此要求。另外，两部委的规定在项目运作方式、项目实施机构、采购依据、采购方式、储备方式等方面也有差别。
三、契约精神至关重要
PPP模式是基于政府和社会资本所签订的合同开展的，这也是发改委急速发布通用合同文本的原因。
参与各方都必须有契约精神，严格按照合同行事，才能保证项目的顺利推进。然而，我国政府在公用和基建等领域一直处于主导地位，此前几轮PPP也多以BT项目为主，政府是投资主体，在项目中属强势的一方，政府信用较社会资本而言更容易出现问题。
在PPP项目失败的案例中，很多是由于政府违背承诺而致合作方利益受损。我国要实现从“大政府，小市场”到“小政府，大市场”的转变仍有漫漫长路，而PPP模式则从根本上就要求政府改变自身定位，由公共产品的唯一提供者转变为项目的合作者和监督者，并严格遵守契约精神。