组合投资的缺点：
1、摊低收益；
例如2009年上半年涨幅最大的品种是铜，但在做组合投资的时候，比如组合了10个品种，每个品种5%的资金，其中有的品种是亏损的，组合投资获得的收益及不上50%资金全部用来做铜的收益。
2、全单边头寸遇到极端反向行情
虽然相较单个品种的投资来说，组合投资属于最终长期获利的模式，但是短期内也有可能所组合的所有品种都亏损，致使帐户的回撤率偏大。
3、品种太多忙不过来
对于个人散户来说，一个人要关注全部品种并做出相应的投资决策是非常辛苦的事情。如果投资周期偏短，以做短线为主，十几个品种就很难顾及，所以组合投资一般不能适合周期过短的操作手法。
4、 多个交易系统能否组合在一个账户中
多个交易系统再次组合，理论上可以进一步降低帐户风险和回撤率，但是也容易使得持仓混淆不清。比如铜在A系统现在是多单，在B系统现在是空单，然则操作时开仓空单还是平仓空单？