BOT项目融资的运作程序主要包括：确定项目方案阶段、项目立项阶段、招标准备阶段、资格预审阶段、准备投标文件阶段、评标阶段、谈判阶段、融资和审批阶段、实施阶段(包括设计、建设、运营和移交)。
1、确定项目方案
BOT项目在这一阶段的主要目标是确定项目建设的必要性，并进一步研究确定设计规模和项目需要实现的目标，而不需要确定项目采用的技术、项目投资额或者投资收益水平。因此，在招标文件中不需要详细规定项目的技术方案和实施方案，只需要勾画出项目在规模、技术、经济等方面的轮廓，鼓励投标人在项目构想和设计方面提出新的观点，发挥他们各自的技术和经验优势，从而有利于政府从各投标方案中选择一个最佳方案作为实施方案。
只有允许投资人获得合理的回报，项目采用BOT方式才可能取得成功。不可能盈利的项目，只能由政府或者公共机构进行投资建设，除非政府能够采取财政补贴等方式保证项目投资人获得合理的回报。
2、立项
立项，是指计划管理部门对《项目建议书》或《预可行性研究报告》以文件形式进行同意建设的批复。
BOT项目在发布招标文件之前，按照国家的基本建设程序完成项目立项是非常必要的。已经立项的项目可以降低招标后的项目审批风险，提高投标人参与项目的积极性。在项目没有立项的情况下进行招标工作，如果投资人确定后政府不批准项目，将会给中标人造成很大的损失。
因此，项目立项通过的审批文件一般被作为招标的依据。
目前，一般来说，外资BOT项目需要得到国家计委的批复，内资BOT项目可以由地方政府批复。在前期准备工作不足的情况下，计划管理部门也可不批复《项目建议书》或《预可行性研究报告》，而是批复进行同意项目融资招标，这种批复也可作为招标的依据。
3、招标准备
项目立项工作完成后，即可着手准备招标工作，主要内容有：
第一步，成立招标委员会和招标办公室；
第二步，聘请中介机构；
第三步，进行项目技术问题研究，明确技术要求；
第四步，准备资格预审文件，制定资格预审标准；
第五步，设计项目结构，落实项目条件；
第六步，准备招标文件、特许权协议、制定评标标准。
4、资格预审
邀请对项目有兴趣的公司参加资格预审，如果是公开招标则应该在媒体上刊登招标公告。参加资格预审的投标人数量越多，招标人选择的范围就越大。为了在确保充分竞争的前提下尽可能减少招标评标的工作量，通过资格预审的投标人数量不宜过多，一般为3-5家比较合适。
5、准备投标书
在获得招标委员会的书面邀请后，通过资格预审的投标者，如果决定继续投标，则应按照招标文件的要求，提出详细的建议书(即投标书)。在投标者的建议书中，一般应详细地说明所有关键方面，如：设施的类型及所提供的产品或服务的性能或水平;建设进度安排及目标竣工日期;产品的价格或服务费用;价格调整公式或调整原则;履约标准;投资回报预测和所建议的融资结构与来源;外汇安排;不可抗力事件的规定;维修计划;风险分析与分配等。
在准备标书阶段，投标人将就标书中的有关内容向招标人提出疑问。招标人应该以标前答疑会等形式进行解答，并将解答内容以书面形式正式通知所有通过资格预审的投资人。
6、评标与决标
投标截至后，招标委员会将组建评标委员会，按照招标文件中规定的评标标准对投标人提交的标书进行评审。
评标标准必须在招标文件中做出明确陈述。评标方法的选择将显著地影响到最终的评标结果，因此，一般情况下，招标文件中规定的评标标准不允许更改。 标书中主要标的应该是评标时重点考虑的核心因素，如果采用评分法评标，则该因素的分值应该占有绝对的权重。
7、合同谈判
决标后，招标委员会应邀请中标者与政府进行合同谈判。运作良好的BOT项目，由于投标人之间竞争十分激烈，使政府在谈判中的地位非常主动。
8、融资与审批
谈判结束且草签特许权协议以后，中标人应报批《可行性研究报告》，并组建项目公司。项目公司将正式与贷款人、建筑承包商、运营维护承包商和保险公司等签订相关合同，最后，与政府正式签署特许权协议。 至此，BOT项目的前期工作全部结束，项目进入设计、建设、运营和移交阶段。
9、实施阶段
项目公司在签订所有合同之后，开始进入项目的实施阶段，即按照合同规定，聘请设计单位开始工程设计，聘请总承包商开始工程施工，工程竣工后开始正式商业运营，在特许期届满时将项目设施移交给政府或其指定机构。
需要强调的是，在实施阶段的任何时间，政府都不能放弃监督和检查的权利。因为项目最终要由政府或其指定机构接管并在相当长的时间内继续运营，所以必须确保项目从设计、建设到运营和维护都完全按照政府和中标人在合同中规定的要求进行。